Cụ thể, Quy định tại Điều 3 Thông tư 86/2025/TT-BTC về mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí đối với hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh nêu rõ, 3 nhóm đối tượng sẽ không phải nộp phí, lệ phí hải quan:

Thứ nhất, hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại, cũng như quà tặng dành cho cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức xã hội và cá nhân trong phạm vi định mức miễn thuế đều thuộc diện được miễn phí, lệ phí hải quan.

Chính sách này cũng áp dụng cho quà biếu, quà tặng vì mục đích nhân đạo, từ thiện, cũng như đồ dùng của tổ chức và cá nhân nước ngoài được hưởng chế độ miễn trừ ngoại giao. Ngoài ra, hành lý cá nhân mang theo người trong những trường hợp phù hợp với quy định cũng được đưa vào diện miễn phí và lệ phí.  

Thứ hai, đối với khu vực biên giới, Thông tư nêu rõ hàng hóa của cư dân biên giới trong định mức miễn thuế sẽ không phải nộp phí và lệ phí hải quan. Đồng thời, phương tiện vận tải của cư dân biên giới cũng được áp dụng phương thức quản lý linh hoạt hơn, chỉ cần mở sổ theo dõi thay vì phải sử dụng tờ khai hải quan.

Thứ ba, các loại hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh, xuất khẩu, nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh cũng nằm trong diện miễn phí, lệ phí theo quy định tại các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên hoặc theo cam kết của Chính phủ.

Bên cạnh các quy định về các trường hợp được miễn nộp phí, lệ phí hải quan đối với hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh, Thông tư cũng quy định cụ thể trách nhiệm tài chính đối với các trường hợp phải nộp phí và lệ phí.

Theo đó, Điều 5 Thông tư này quy định, người nộp phí, lệ phí có trách nhiệm thực hiện nghĩa vụ tài chính khi đăng ký tờ khai đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh hoặc khi phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh.

Cùng với đó, hàng hóa tạm xuất, tái nhập theo quy định tại Nghị định số 64/2020/NĐ-CP cũng nằm trong phạm vi áp dụng khi tổ chức, cá nhân được cấp sổ ATA.

Ngoài ra, đối với các trường hợp nộp đơn đề nghị kiểm tra, giám sát hàng hóa nhằm bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ, đề nghị gia hạn thời hạn áp dụng biện pháp kiểm tra, giám sát hoặc tạm dừng thủ tục hải quan với hàng hóa có dấu hiệu xâm phạm, người nộp đơn cũng phải thực hiện nghĩa vụ phí, lệ phí theo quy định hiện hành.

Về phương thức nộp, Thông tư cho phép người nộp lựa chọn hình thức nộp bằng tiền mặt hoặc thanh toán không dùng tiền mặt cho tổ chức được cơ quan hải quan uỷ nhiệm thu phí hải quan và lệ phí hàng hoá, phương tiện vận tải quá cảnh theo quy định.

Để tạo thuận lợi cho các doanh nghiệp thường xuyên thực hiện thủ tục, Thông tư quy định trường hợp đăng ký tờ khai nhiều lần trong tháng thì nghĩa vụ nộp phí, lệ phí có thể được tổng hợp và hoàn thành chậm nhất vào ngày 10 của tháng tiếp theo, căn cứ vào danh sách tờ khai do cơ quan Hải quan thông báo.

Một nội dung quan trọng khác là việc ủy nhiệm thu phí, lệ phí. Theo quy định của Luật Quản lý thuế năm 2019 và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP, cơ quan Hải quan có thể ủy nhiệm cho các tổ chức thực hiện thu hộ. Các tổ chức này có trách nhiệm nộp toàn bộ lệ phí vào ngân sách nhà nước, đồng thời nộp phí vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách của cơ quan Hải quan tại Kho bạc Nhà nước. Quy định này nhằm bảo đảm tính minh bạch, rõ ràng và tránh thất thoát trong quá trình thu nộp ngân sách.