Theo dự thảo Luật Phát triển doanh nghiệp nhỏ và vừa, doanh nghiệp được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp 3 năm kể từ khi đăng ký thành lập. Tuy nhiên, đại biểu Quốc hội cho rằng cách tính này có thể khiến thời gian ưu đãi trôi qua khi doanh nghiệp chưa có lãi…

Sáng ngày 28/9/2026, tại Hội nghị đại biểu Quốc hội hoạt động chuyên trách lần thứ nhất, nhiệm kỳ khóa XVI, các đại biểu thảo luận về dự án Luật Phát triển doanh nghiệp nhỏ và vừa, trong đó dành nhiều quan tâm cho cách thiết kế chính sách thuế nhằm bảo đảm ưu đãi đến đúng đối tượng và tạo tác động thực chất.

Một trong những nội dung được quan tâm là chính sách thuế tại Điều 9 Dự thảo Luật Phát triển doanh nghiệp nhỏ và vừa. Theo đó, dự thảo quy định doanh nghiệp siêu nhỏ, doanh nghiệp nhỏ được áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp thấp hơn mức thông thường; đồng thời, doanh nghiệp nhỏ và vừa được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong 3 năm kể từ khi được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp lần đầu.

Đại biểu Nguyễn Văn Huy, Đoàn đại biểu Quốc hội tỉnh Hưng Yên, đồng tình với việc sử dụng chính sách thuế để khuyến khích khởi nghiệp và phát triển doanh nghiệp, nhưng đề nghị cân nhắc lại cách áp dụng ưu đãi miễn thuế 3 năm trên diện rộng.

Đại biểu đề nghị nghiên cứu phân tầng chính sách thuế, trong đó mức độ ưu đãi có thể cao hơn hoặc kéo dài hơn đối với những doanh nghiệp thuộc ngành, lĩnh vực ưu tiên, có hoạt động đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số, sản xuất xanh, tham gia chuỗi giá trị, tạo nhiều việc làm hoặc có đóng góp lớn cho nền kinh tế.

Theo đại biểu Nguyễn Văn Huy, nhu cầu hỗ trợ giữa một doanh nghiệp khởi nghiệp đổi mới sáng tạo, doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp sản xuất tham gia chuỗi cung ứng và một doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực thông thường là khác nhau.

Nếu áp dụng cùng một mức ưu đãi cho toàn bộ doanh nghiệp nhỏ và vừa mới thành lập, ngân sách có thể phải dành nguồn lực lớn nhưng chưa chắc tạo ra hiệu quả tương xứng, đại biểu Nguyễn Văn Huy phân tích.

Cùng với việc xác định đúng đối tượng, đại biểu Nguyễn Văn Huy cũng lưu ý nguy cơ doanh nghiệp lợi dụng chính sách bằng cách chia, tách doanh nghiệp hoặc chuyển hoạt động sang pháp nhân mới để tiếp tục hưởng ưu đãi.

“Do đó đề nghị rà soát sự thống nhất giữa quy định tại dự thảo Luật Phát triển doanh nghiệp nhỏ và vừa với pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp và các luật chuyên ngành, nhất là nguyên tắc tránh trùng lặp ưu đãi”, đại biểu Nguyễn Văn Huy nêu.

Một vấn đề khác được đại biểu Trần Văn Lâm, Đoàn đại biểu Quốc hội thành phố Bắc Ninh, đặt ra là thời điểm bắt đầu tính 3 năm miễn thuế.

Theo đại biểu Trần Văn Lâm, những năm đầu sau khi thành lập thường là giai đoạn doanh nghiệp phải đầu tư nhà xưởng, thiết bị, tuyển dụng, tìm kiếm khách hàng và xây dựng thị trường. Do đó, không ít doanh nghiệp chưa có lãi hoặc thậm chí thua lỗ trong khoảng thời gian này.

Vì vậy, đại biểu Trần Văn Lâm đề nghị thời gian miễn thuế được tính từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế, thay vì từ thời điểm đăng ký doanh nghiệp. Theo cách này, thời gian ưu đãi sẽ bắt đầu khi doanh nghiệp thực sự phát sinh nghĩa vụ thuế phải nộp và kéo dài trong 3 năm.

“Nếu thời gian miễn thuế mà tính từ ngày đăng ký thì thời gian ưu đãi có thể trôi qua trong khi doanh nghiệp chưa phát sinh số thuế phải nộp, tức là chưa có lãi thì đã hết thời hạn miễn giảm thuế. Như vậy, chính sách ưu đãi này không nhìn vào thực tế đối với rất nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là những doanh nghiệp nhỏ và vừa mới khởi sự, mới lần đầu đăng ký”

Đại biểu Trần Văn Lâm (Đoàn đại biểu Quốc hội thành phố Bắc Ninh)

Bên cạnh thời điểm hưởng ưu đãi, đại biểu Trần Văn Lâm cũng đề nghị rà soát đồng bộ chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế giá trị gia tăng và chế độ kế toán.

Theo dự thảo, doanh nghiệp có doanh thu tối đa 10 tỷ đồng một năm có thể lựa chọn cách tính thuế theo thu nhập chịu thuế, tức doanh thu trừ chi phí, hoặc tính theo tỷ lệ phần trăm trên doanh thu.

Theo đại biểu Trần Văn Lâm, cơ chế này có thể giúp giảm chi phí tuân thủ đối với doanh nghiệp quy mô nhỏ, nhất là những hộ kinh doanh chuyển đổi lên doanh nghiệp. Tuy nhiên, mức độ đơn giản hóa sẽ phụ thuộc vào việc các quy định về thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế giá trị gia tăng và kế toán có được thiết kế thống nhất hay không.

Trường hợp doanh nghiệp lựa chọn tính thuế thu nhập doanh nghiệp theo tỷ lệ trên doanh thu nhưng vẫn phải theo dõi chi tiết thuế giá trị gia tăng đầu vào, đầu ra, thực hiện khấu trừ và đáp ứng đầy đủ các yêu cầu về kế toán, chi phí tuân thủ có thể vẫn ở mức cao.

Vì vậy, đại biểu Trần Văn Lâm đề nghị làm rõ mối liên hệ giữa phương pháp tính thuế thu nhập doanh nghiệp với phương pháp tính thuế giá trị gia tăng, trong đó có quyền lựa chọn phương pháp tính thuế giá trị gia tăng trực tiếp theo tỷ lệ doanh thu, đồng thời bảo đảm sự thống nhất giữa các luật thuế và chế độ kế toán.

Theo đại biểu Trần Văn Lâm, doanh nghiệp tham gia chuỗi cung ứng có thể cần áp dụng phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng để giao dịch với khách hàng.

 Do đó, quyền lựa chọn phương pháp tính thuế cần được thiết kế phù hợp với đặc điểm hoạt động của từng doanh nghiệp, tránh tình trạng thuế thu nhập doanh nghiệp được tính trực tiếp trên doanh thu nhưng doanh nghiệp vẫn phải hạch toán chi tiết thuế giá trị gia tăng đầu vào, đầu ra và thực hiện các yêu cầu kế toán tương ứng, đại biểu Trần Văn Lâm cho biết.

Dự kiến, dự thảo Luật Phát triển doanh nghiệp nhỏ và vừa sẽ được trình Quốc hội xem xét, thảo luận tại kỳ họp vào tháng 10/2026.