Dự án luật này được đánh giá là độc đáo về cả quy trình và nội dung. Sự "độc đáo" này cũng gây tranh luận giữa các vị đại biểu với nhau.

Đại biểu Vũ Thị Lưu Mai (Hà Nội) nhận xét, đây là lần đầu tiên trong lịch sử lập pháp Quốc hội ban hành một dự án luật chỉ để sửa đổi một phụ lục của một đạo luật. Nhưng "nếu cân nhắc về sự cần thiết thì tôi nghĩ có lẽ chúng ta cũng hơi vội vàng", bà Mai nói.

Bà Mai cũng cho rằng, những nội dung sửa đổi cũng chưa thể hiện tính cấp bách. Bãi bỏ 27 ngành, nghề, nhưng lại đưa vào 15 ngành, nghề, có nhiều ngành, nghề nên đưa ra khỏi danh mục cũng chưa rà soát kỹ.

Luật này được trình theo quy trình rút gọn, và đại biểu Hà Nội cho rằng càng theo thủ tục rút gọn thì càng phải thuyết minh chi tiết về tính cấp bách.

Tuy nhiên, theo đại biểu Trương Trọng Nghĩa (Tp.HCM) thì không nên nghĩ một cách máy móc. Có những luật chỉ sửa một hai điều, sửa những chỗ sai sót thì không cần theo quy trình thông thường.

Nhưng, đại biểu Nghĩa cũng băn khoăn là có nên chờ đến kỳ tới để làm đồng bộ hơn hay không, vì đại biểu "không hiểu có gì cấp bách để sửa ngay kỳ này".

Cũng chưa yên tâm nếu thông qua ngay kỳ họp này, đại biểu Ngọ Duy Hiểu (Hà Nội) nêu lý do là Ban soạn thảo chưa có nhiều điều kiện về thời gian để lắng nghe ý kiến doanh nghiệp, các hội nghề nghiệp, các bộ, ngành. "Tôi cho rằng Ban soạn thảo cần có khoảng thời gian để lắng nghe nhiều hơn, ônh Hiểu nói.

Đại biểu Lê Xuân Thân (Khánh Hoà) cũng có ý kiến cho rằng việc sừa danh mục ngành nghề kinh doanh có điều kiện nên giao cho Ủy ban thường vụ Quốc hội quy định trong từng thời kỳ theo đề nghị của Chính phủ. 

Song, Phó chủ tịch Quốc hội Phùng Quốc Hiển giải thích, theo quy định của Hiến pháp, việc giảm hạn chế quyền kinh doanh của công dân thuộc thẩm quyền của Quốc hội cho nên không thể giao cho Ủy ban Thường vụ Quốc hội được.

Đi vào những ngành nghề được đề nghị bãi bỏ, bổ sung cũng rất nhiều ý kiến trái chiều.

Được nhiều đại biểu quan tâm tranh luận là đề xuất bổ sung ngành sản xuất, lắp ráp, nhập khẩu xe ô tô vào danh mục ngành nghề kinh doanh có điều kiện. Ý kiến đồng ý rất  mạnh mẽ, phản biện cũng rất quyết liệt.

Về 27 ngành nghề đề xuất bãi bỏ, khá nhiều ý kiến cho rằng nên giữ lại kinh doanh dịch vụ ngân hàng mô và kinh doanh dịch vụ thực hiện kỹ thuật mang thai hộ.

Đại biểu Bùi Thị Hằng (Hoà Bình) lập luận, Luật Hôn nhân và gia đình cấm mang thai hộ vì mục đích thương mại, chỉ cho phép mang thai hộ vì mục đích nhân đạo, do đó việc kinh doanh dịch vụ kỹ thuật mang thai hộ vì mục đích nhân đạo không phải ngành kinh doanh bị cấm và dịch vụ này cũng cần quy định có điều kiện.

15 ngành nghề được bổ sung, theo một số vị đại biểu cũng chưa đầy đủ. Đại biểu Nguyễn Văn Cảnh (Bình Định) đề nghị dự thảo luật bổ sung một nghề đó là nghề xăm hình vĩnh viễn là một nghề kinh doanh có điều kiện.

Nhiều đại biểu khác cũng bày tỏ sự băn khoăn về cả các ngành nghề được bãi bỏ cũng như bổ sung, sửa đổi, hợp nhất tên gọi.

Phát biểu giải trình, Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Chí Dũng nhấn mạnh đây là lần đầu tiên thực hiện sửa một luật theo cách như thế này. Nhưng để đáp ứng yêu cầu của thực tiễn yêu cầu của phát triển thì cũng phải sửa.

Cũng không phải gấp gáp, không phải thiếu thời gian, quá vội vàng mà chúng tôi làm thiếu trách nhiệm. Đây là cả quá trình nhiều tháng qua, lúc đầu có tham vọng muốn sửa 12 luật liên quan nhưng phạm vi quá rộng và thời gian để làm kỹ việc này không đầy đủ, không đảm bảo chất lượng nên chúng tôi xin thu hẹp lại, Bộ trưởng giải trình.

Ông Dũng cũng cho biết, tiếp thu ý kiến đại biểu sẽ không bãi bỏ điều kiện kinh doanh của hoạt động liên kết đào tạo, kinh doanh dịch vụ và tư vấn lập báo cáo môi trường chiến lược, báo cáo đánh giá tác động môi trường, kinh doanh dịch vụ kiểm định chất lượng chương trình liên kết đào tạo nghề. 

"Ngày hôm nay có nhiều đại biểu nêu về hai lĩnh vực không đồng ý bãi bỏ ngân hàng mô và mang thai hộ. Việc này hôm qua chúng tôi đã hội ý Ban soạn thảo và đã xin ý kiến thống nhất các bộ, ngành và đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ đồng ý tiếp thu xin không bỏ hai lĩnh vực này ra", bộ trưởng cho biết.